这次在明军对缅甸军民宣慰使司的自卫反击战中，取得了胜利的形势下，明车里军民宣慰使才复归大明，进献训象、金屏、象牙诸物，谢罪。

在这种情况下，明神宗不计前嫌恢复了他的车里军民宣慰使官职。

4月初10日，礼部重修「大明会典」，要刑部提供有关法律资料，明刑部尚书：舒化，与明吏部尚书：杨巍，遂选辑自明嘉靖三十四年公元1555年历次诏令以及〈宗藩条例〉、〈军政条例〉、〈捕盗条例〉、〈漕运议单〉中与法律相关的条款，以律令为正文，以事例为附注，共三百八十二条，汇编成书，定名为〔问刑条例〕。

5月19日，明神宗早朝退了之后，以平台方式召见明内阁首辅：申时行，等官员们商议大事，明陕西巡按兼都察院广西道监察御史：董子行，趁机上奏疏称“巡抚、巡按，官员当亲自巡历地方，不可推诿给其余将吏，巡抚宜久任，沿边兵备道官员宜加优待，沿边同知、通判等官员宜慎选用，破格迁除。”

此刻明神宗则回复道“董爱卿所言甚是，边疆之事重大，若巡抚、巡按，官员不亲历地方专委小官，岂不误事也！”

但明内阁首辅等官员却上奏说“就如陛下所言，边疆之事全赖巡抚、巡按，官员他们每年巡历地方，而下人不敢欺骗，自能尽心料理，若巡抚久任，却不惟人才得以展布，发挥作用，而百姓亦得相安无事。”

明神宗则说“巡抚久任者，宁可加俸加衔，也不行以亲故赞其成，非大臣谋国之忠。”

立刻就被明内阁首辅奏辩道“当初陛下阅视此地时，都察院江西道监察御史李大人、都察院河南道监察御史江大人，可并没有说起此事，若轻易更动乃辅臣召对之典，自孝庙后至是再举。”

由此引起了明神宗的注意。

6月17日，四川都指挥使司叙州府叙南卫建武守御千户所，参加哗变的士兵将领，明建武守御副千户：范泰龙、明建武守御千户所镇抚使：李德，等十余人被杀，并传首所部兵营。

又有四川承宣布政使司龙安府平武县杨柳蕃人进犯松潘卫金瓶堡，以及成都府茂州蕃人联合起来集结成48寨，北上进犯叠溪守御千户所与叠溪长官使司、普安堡、归水岩，一带导致川西震惊。

明四川巡抚：雒遵，得知消息后急忙派遣明四川总镇总兵：李应祥，率兵前去征讨，以防叛军扩大战局骚扰军民。

6月23日，明建州左卫军民千户：爱新觉罗·努尔哈赤，为报复章佳氏四世祖：爱新觉罗·萨木占，袭杀妹夫明建州左卫军民百户：噶哈善·哈思虎，之仇，特意率兵4百人前往马尔墩寨征讨。

其中；爱新觉罗·纳木占、爱新觉罗·萨木占，兄弟俩与族人：章佳·油申、章佳·完济汉，一起对抗建州左卫军民指挥使司军队苦战四日，最终马尔敦寨城破。

章佳·油申、章佳·完济汉，两人逃往建州右卫军民指挥使司界凡城地界。

紧接着漠南蒙古泰宁部首领：孛儿只斤·把兔儿，为报父汗：孛儿只斤·速把亥，之仇，与从父漠南蒙古内喀尔喀部首领：孛儿只斤·炒花、姑婿漠南蒙古朵颜部首领：孛儿只斤·花大，并且联合了漠南蒙古扎鲁特部首领：孛儿只斤·以儿邓、叶赫女真部东城贝勒：纳拉·纳林布禄、西城贝勒：纳拉·布寨，以15万铁骑入掠夺大明辽东都指挥使司沈阳中卫物资，又转而攻打开原卫、铁岭卫等地。

但很快就被明太子太保兼辽东总镇总兵：李成梁，与明广东宁前兵备道左参议：李松，及时出兵给击败，还斩杀敌军八百人。

7月10日，明都察院湖广道监察御史：龚仲庆，再次疏劾明太仆寺少卿：李植，以及明詹事府右春坊右中允：吴中行、明太常寺少卿：沈思孝，三人为邪臣。

8月初9日明神宗采用了明太子少保兼礼部尚书：徐学谟，的建议，选择大峪山为造其陵墓之地，即日开始动工兴建。

然而明太仆寺少卿：李植，则以上奏称“寿宫地有积石。”

而明内阁首辅：申时行，则主张支持明礼部尚书，反被明都察院右佥都御史兼光禄寺少卿：江东之、明尚宝寺少卿：羊可立，一起上奏称“地果吉利则不宜有石，有石则宜另择他处。”

但是明礼部尚书：徐学谟，则以私意主其非议，明内阁首辅也一味地支持此举。

两人还上奏辩解道“当初陛下阅查此地时，太仆寺少卿李大人、光禄寺少卿江大人，可并没有说此地有石，今已有两年，忽创此议，很明显是为了借此倾害大臣。”

使得明神宗当即下令责骂明太仆寺少卿、明光禄寺少卿、明尚宝寺少卿，三人当时傻傻站着，均无一言敢发，还被夺俸禄半年。